综合微生物组研究实验室

Ramaley C351C
综合生理学系
科罗拉多大学
科罗拉多州博尔德80309-0354

研究兴趣

人体微生物群是生活在博彩平台推荐皮肤上和体内的一个完整的微生物生态系统. 这些微生物融入了博彩平台推荐的免疫系统, 消化, 神经系统, 对博彩平台推荐的整体健康至关重要. 在综合微生物研究实验室, 博彩平台推荐的目标是增加博彩平台推荐对人类微生物组及其与生理的联系的理解, 并将博彩平台推荐的发现应用于改善人类健康.

博彩平台推荐的研究实验室使用尖端的计算机分析和实验技术来研究微生物组. 博彩平台推荐专门研究“组学”方法, 包括宏基因组学和代谢组学, 他们使用最先进的仪器同时研究整个微生物群落.

目前的研究课题包括:

  • 博彩平台推荐的微生物群是从哪里来的? 博彩平台推荐的微生物是如何在人与人之间传播的?
  • 博彩平台推荐的肠道免疫系统是如何控制肠道微生物群的? 这种控制的失败是如何导致炎症性肠病等疾病的?
  • 博彩平台推荐能否利用废水或其他聚集源来了解人群水平的微生物组变异和/或为下一次大流行提供早期检测?

综合微生物组研究实验室将于2024年秋季在科罗拉多大学博尔德综合生理学系开放.

Microbes within the colon (top left corner) are separated from mammalian 细胞s (blue; bottom right corner) by a layer of mucus (diagonal green across the image)

Microbes within the colon (top left corner) are separated from mammalian 细胞s (blue; bottom right corner) by a layer of mucus (diagonal green across the image) (Earle et. al.、细胞宿主 & 微生物,2015).

人员

研究生的机会

综合微生物组研究实验室特别适合有兴趣在计算生物学前沿进行研究的学生. 不需要先前的计算经验. 申请研究生课程的详细信息可以在这里找到 在这里. 请在2025年夏季查看2025年秋季开始的研究生开放.

本科生的机会

博彩平台推荐正在寻找热情，积极的本科生在秋季2024开始. 候选人必须承诺每周至少8小时的研究. 计算和实验室为基础的机会是可用的. 请联系 Dr. 洞螈 了解更多信息.

博士后机会

博士后职位视研究经费而定. 欲了解更多信息，请联系 Dr. 洞螈.

选择出版物

获取完整的出版物列表 点击这里.

卡特,米.M.*, 洞螈,M.R.*美林，B.D.*， Dahan, D.特里帕蒂，S.斯宾塞，S.P.， Yu, F.B.Jain, S.内华达州内夫市.， Jha, A.R.索南堡，E.D.索南堡，J.L., (2023). 对哈扎狩猎采集者的超深度测序恢复了消失的肠道微生物. 细胞 186, 3111-3124.e13. http://doi.org/10.1016/j.细胞.2023.05.046

洞螈米. R.*达汉，D.*，卡特·M. M.，美林B. D.，于芳. B.贾恩·S.、孟某某.特里帕蒂·S.w.Neff N.福尔摩斯.Sonnenburg E. D.Jha A. R.[J]. L. (2022). 婴儿肠道微生物组在不同生活方式中的显著变化. 科学, 376, 1220–1223. http://doi.org/10.1126 /科学.abj2972

洞螈,M. R.克里斯-克里斯托夫，A.鲍玛-格雷森，K.选B. A.莫洛维茨，M. J., & 班菲尔德,J. F. (2021). strain从宏基因组数据中描述种群微多样性，并敏感地检测共享的微生物菌株. 自然生物技术, 39(6), 727–736. http://doi.org/10.1038/s41587-020-00797-0

Crits-Christoph,.坎特，R. S., 洞螈,M. R.惠特尼，O. N.Al-Shayeb, B.，卢，Y. C.弗朗霍兹，A.肯尼迪，L。. C.格林沃尔德，H.欣克尔，A.赫策尔，J.斯皮策，S.J.， Tan, A.海德，F.Schroth, G.库尔斯滕，S.班菲尔德，J. F., & 纳尔逊,K. L. (2021). 污水基因组测序检测区域流行的SARS-CoV-2变体. MBio, 12(1), e02703-20. http://doi.org/10.1128 / mBio.02703-20

洞螈,M. R.巴塔查里亚，N.克里斯-克里斯托夫，A.选B. A.贝克，R。.宋，Y. S.莫洛维茨，M. J., & 班菲尔德,J. F. (2019). 坏死性小肠结肠炎发生前肠道细菌复制增加, 克雷伯氏菌, 以及编码菌毛的细菌. 科学的进步, 5(12), eaax5727. http://doi.org/10.1126 / sciadv.aax5727

洞螈,M. R.*韦斯特，P. T.*，布鲁克斯，B.选B. A.贝克，R。.莫洛维茨，M. J., & 班菲尔德,J. F. (2019). 在早产儿早期定植和病房中真核生物种群的基因组解析宏基因组学. 微生物组, 7(1), 26. http://doi.org/10.1186/s40168-019-0638-1

拉赫曼,年代. F., 洞螈,M. R.莫洛维茨，M. J., & 班菲尔德,J. F. (2018). 利用宏基因组基因组的机器学习识别婴儿肠道微生物组中有影响的抗生素耐药基因. mSystems, 3(1), e00123-17. http://doi.org/10.1128 / mSystems.00123-17

布鲁克斯,B., 洞螈,M. R.选B. A.贝克，R。.托马斯·B. C.莫洛维茨，M. J., & 班菲尔德,J. F. (2017). 医院病房和婴儿的菌株解析分析揭示了人类和房间微生物组之间的重叠. 自然通讯, 8(1), 1814. http://doi.org/10.1038/s41467-017-02018-w

洞螈,M. R.布朗，C. T.布鲁克斯，B。.选B.贝克，R。.伯斯坦，D.祝你愉快，K.托马斯·B. C.莫洛维茨，M., & 班菲尔德,J. F. (2017). 相同的细菌种群在早产儿肠道中定植, 皮肤。, 口腔微生物组表现出不同的原位生长速率. 基因组研究, 27(4), 601–612. http://doi.org/10.1101/gr.213256.116

     *表示作者对这项工作的贡献相同